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DRiLL, un nouveau cadre computationnel, peut être appliqué pour la
détermination du cycle de vie d’une molécule d’ARN et découvrir les événements
transcriptionnels et postranscriptionnels qui contrôlent les changements
dynamiques en niveaux de transcrits chez tout type de cellule utilisant des
séquences de type ARN.
Source iconographique et légendaire: http://www.sciencedirect.com/science/journal/aip/00928674
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Les cellules contrôlent les transitions dynamiques en termes de niveaux de
transcrits par la régulation de la transcription, du traitement, et/ou de la
dégradation par une stratégie de régulation intégrée. Ici, nous combinons le
marquage métabolique de l’ARN, le séquençage de l’ARN ribosomial, et DRiLL, un
nouveau cadre computationnel permettant de quantifier les niveaux (…)
et taux de transcription, de traduction et de dégradation de chaque transcrit
au niveau de la jonction et du splicing au cours de la réponse LPS des cellules
dendritiques de souris. Quatre stratégies clé de régulation, dominées par les
changements au niveau de la transcription, génèrent la majorité des différentes
formes d’expression génique en fonction du temps. Des expressions non canoniques, employant le
système de régulation posttranscriptionnelle, contrôlent seulement une minorité
de gènes, mais fournissent un signal de traitement aux caractéristiques uniques.
Nous validons la tristetraproline (TTP) comme régulateur majeur de la
dégradation d’ARN utilisant une stratégie non-canonique. L’application de DRiLL
à la régulation des ARNs non codants et à l’embryogénèse du poisson zèbre démontre
sa grande utilité. Notre étude fournit une nouvelle approche quantitative d’investigation
et de découverte des événements transcriptionnels et post-transcriptionnels
contrôlant les changements dynamiques en niveaux de transcrits, en utilisant
des données de séquençage d’ARN. Suhas S.P. Rao et al, dans Cell, publication en
ligne en avant-première, 11 décembre 2014
Source: Science Direct / Traduction et adaptation: NZ
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