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Une approche chimique,
permettant une cartographie précise des nucléosomes dans les cellules souches
embryonnaires chez la souris, fournit des éclairages nouveaux dans l’organisation
des nucléosomes, au niveau des sites d’initiation et de terminaison de la
transcription de même que les régions de liaison à l’ADN pour CTCF et les
facteurs de pluripotence.
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L’organisation du nucléosome influence l’activité
génique par le contrôle de l’accessibilité de l’ADN à la machinerie de
transcription. Ici, nous développons une approche de chimie biologique afin de déterminer
les positions relatives des nucléosomes au niveau du génome entier. Nous
découvrons des aspects inattendus de l’organisation des nucléosomes dans les
cellules souches embryonnaires chez la souris. Au contraire du modèle qui
prévaut habituellement, nous observons que pour presque tous les gènes chez la
souris, une classe de nucléosomes fragiles occupe des régions précédemment désignées
comme régions pauvres en nucléosomes, autour des régions d’initiation et de
terminaison de la transcription.
Nous montrons que les nucléosomes occupent des
zones cibles pour un échantillon de protéines de liaison à l’ADN, incluant le
facteur de liaison CCCTC (CTCF) et des facteurs de pluripotence. De plus, nous
fournissons des évidences selon lesquelles les nucléosomes positionnés au
niveau des promoteurs proximaux, notamment le nucléosome +1, contribuent aux
phases de pause de la polymérase II.
Finalement, nous trouvons une préférence
caractéristique d’emplacement des nucléosomes au niveau des jonctions
exon-intron. Prises dans leur ensemble, ces données nous permettent d’établir
une méthode appropriée pour la définition du paysage nucléosomique et fournissent une ressource valable pour l’étude de la régulation génique médiée par les
nucléosomes dans les cellules de mammifères. Lilien N. Voong, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 23 novembre 2016
Source iconographique, légendaire et rédactionnelle:
Science Direct / Traduction et
adaptation : NZ
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