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| 1. Séquençage de l'ARN à l'échelle d'une cellule unique 2. Analyses computationnelles 3. Expansion phénotypique immune tumorale (Voir le texte du post ci-après) |
La connaissance des phénotypes des cellules de l’immunité
du microenvironnement tumoral est essentielle à la compréhension des mécanismes
de la progression du cancer et de la réponse aux immunothérapies. Nous avons profilé
45 000 cellules de l’immunité provenant de huit carcinomes mammaires, de
même que des échantillons normaux correspondants de tissu mammaire, de sang, et de
ganglions lymphatiques, à l’aide d’une technique de séquençage de l’ARN au
niveau d’une cellule unique. Nous avons développé un pipeline de prétraitement,
SEQC, et une méthode bayésienne de regroupement et de normalisation, Biscuit, pour
relever les défis computationnels propres aux données relevées sur cellule
unique. Malgré une similarité significative entre cellules
immunitaires provenant de tissu normal et cellules immunitaires provenant de tissu tumoral, nous avons observé des expansions phénotypiques continues spécifiques au microenvironnement
tumoral. Des analyses de données appariées de séquençage d’ARN et de récepteur
de cellule T à l’échelle d’une cellule unique (TCR) provenant de 27 000 cellules
T supplémentaires, ont révélé l’impact combinatoire de l’utilisation de TCR sur
la diversité phénotypique.
Nos résultats soutiennent un modèle d’activation
continue des cellules T ne correspondant pas au modèle de polarisation des
macrophages dans le cancer. Nos résultats revêtent d’importantes implications
pour la caractérisation des cellules immunitaires infiltrant les tumeurs. Elham
Azizi, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 28 juin 2018
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